afie.staff.uns.ac.id
(email dosen)
classes of human genome variation
1. Sequence
2. Structural
Copy number variation
. kadang2 1 fungsi diatur lebih dari 1 gen, disebut variasi karena tiap orang berbeda2, contoh : gen yg menyandikan amylase (ada yg lebih dari satu, ada yg satu, ada yg tidak punya)
. bila sehari2 konsumsi amilum, ternyata gen pengkodeny lebih banyak, sedangkan yg tidak hanya satu atau tidak ada
Respon org thdp obat dipengaruhi oleh ini juga (contoh kasus: bayi keracunan morphin, dari ibu yang mengkonsumsi morphin, terlebih karena ibunya mengalami ultrarapid metabolizer (memerlukan dosis dobel pada penggunaan obat) CYP2G6
Contoh lainnya psoriasis, disebabkan oleh CNV, terkait dengan beta defensins, semakin banyak beta defensins, maka kemungkinan terkena psoriasis semakin besar
Tidak semua org bisa terkena HIV, dipengaruhi oleh CCL3LI
Variable tandem repeat
Satelite dna
1. Satellite DNA
2. Minisatellite DNA
3. Microsatellite DNA
(tergantung panjang)
Pengulangan sekuens tiap orang panjangnny berbeda2, sehingga bisa digunakan sebagai media forensic (sidik jari DNA)
Fungsi VTR:
1. Marker
2. Mempengaruhi splicing
3. Transkripsi
SNP (snip) Single nucleotide polymorphism
Perbedaan nukleotida memberikan informasi terapi individual
“Kenapa bisa bervariasi?????”
Genetic adaptation , biokhromatica
EpigenetIc
Genetic = genes + their interaction
Hanya beberapa penyakit bisa dijelaskan dengen mutasi satu gen
Gen adalah unit herediter, gnome keseluruhan : gen + promoter+enhancer
Splicing : pembuangan segmen pada transkripsi
Utr: non coding region, un translated region, membantu regio central stabil
ORF : open reading frame
Cossack motive : translasi akan dimulai pada suatu pattern, tidak hanya AUG/ATG
Epigenetic : tidak peduli dengan isi sekuens
Tidak hanya dipengaruhi susunan informasi genetic, namun penyakit yg hanya sedikit yg bisa dijelaskan oleh genetic dan genome
Contoh pada lebah, pd pemberian makanan
Bee pollen= pekerja
Royal jelly= ratu
Epigenetic
1. Dna metylation
2. Histon modification
3. D
DNA metylation
DNA dipengaruhi jumlah CG, 60-90%nya umumny pada mamalia dimetilasi, sedangkan pada promoter terletak CpG island, CpGs yang tidak termetilasi, karena dipromotor mempengaruhi gen di belakangnya
2 cara DM: menyembunyikan CG dan menarik MBP
Metilasi pada CpG, pada transkripsi dan translasi , protein yang bekerja tidak mengenali C dan G yang termetilasi
MBP menempel pada C dan G, melakukan inhibitasi sehingga sulit diakses enzim2 transkripsi dan translasi
Protein repressor: protein yang “membungkam” ekspresi gen, bila metilasi terjadi pada sekuens tempat PR menempel, terjadi aktivasi
Penyumbang metal : Folic Acid, methionine , homocysteine
Diet berhubungan dgn epigenetic
Histon modification
Histon Acetylation = (hat) = meluruskan
Histon deacetylation = (hdac) = menggulung
Saat menggulung, dna yg rapat susah diakses, sehingga dna tertidur, merapat dan merenggangny dipengaruhi lingkungan.
Dipengaruhi rokok
Micro RNAs dan siRNA
Mekanisme post-transkripsi
RNA interference
1. Perfect pairing : dipotong oleh endonuklease, Messenger RNA tidak bisa menempel, tidak dapat di translasikan ribosom (SLICING)
2. Imperfect pairing : tidak dipotong oleh endonuklease, tapi karena MRNA beruntai 2 (double strainded) sehingga ribosom tidak bisa mentranslasi (hanya bisa bila 1 untai saja) (MICRO RNA)
Genomic imprinting: setiap gene autosom selalu dia copi an ato alel, dari satu copian berasal dari tiap induk.Pada mamalia 1% gen hanya mengekspresikan satu copian dari salah satu induk. Didasari oleh perubahan histon dan/ metylation
DMD differenced metylated DNA
Contoh lain:
NOEY2(penekan pertumbuhan tumor) , bila kedua kromosom didapatkan dari maternal
Tidak ada komentar:
Posting Komentar