Laporan elektroforesis

Hasil :

Setelah melakukan praktikum elektroforesis di dapatkan gambar hasil visualisasi seperti gambar di samping

Well 1 : terlihat marker

Well 2 : tidak terlihat pita DNA hasil ekstraksi dari whole blood (sampel 1)

Well 3 : tidak terlihat pita DNA hasil ekstraksi dari whole blood (sampel 2)

Well 4 : terlihat pita DNA hasil PCR (…Bp)

Pembahasan

Elektroforesis adalah suatu metode analisis yang sederhana, cepat dan mempunyai sensitivitas yang tinggi dan sering digunakan untuk mengkarakterisasi massa molecular polinukleotida dan polipeptida, seperti kemurnian, heterogenesitas/ adanya degradasi dan komposisi subunit polinukleotidan dan polipeptida

Dalam praktikum ini yang kita lakukan adalah elektroforesis asam nukleat. Pertama-tama yang harus dilakukan adalah membuat gel agarose. Gel agarose sendiri berfungsi untuk memisahkan molekul yang berukuran lebih dari 100bp (sbg penyaring). Konsentrasi agarose mempengaruhi hasil elektroforesis, karena semakin tinggi konsentrasi maka ruang antar molekul pada gel agarose lebih kecil sehingga mempersulit pergerakan molekul yang melewatinya. Untuk membuat gel agarose dapat kita lakukan dengan mencamputkan serbuk agarose dengan TAE/TBE. Dalam praktikum ini kita ingin membuat gel agarose dengan konsentrasi 1 % maka serbuk agarose yang dibutuhkan sebanyak 2 gr dan kita menggunakan TAE (tris-asetad-EDTA) sebanyak 200ml. (MASUKKAN FUNGSI TAE DISINI, CARI DALAM BUKU) kemudian larutkan serbuk agarose dengan cara memanaskan dalam microwave. Setelah itu aduk dengan menggunakan magnetic stirrer sampai tercampur rata. Setelah mendapatkan larutan yang sudah tercampur rata, tambahkan dengan EtBr sebanyak 10 % dari larutan awal (20ml) . EtBr berfungsi untuk memancarkan cahaya ketika disinari UV saat dilakukan visualisasi elektroforesis (akan menimbulkan warna jingga). Letakkan comb pada cetakan agarose dan lakukan penuangan agarose. Comb diletakkan dalam cetakan untuk membentuk well(sumuran). Lalu didiamkan hingga mengeras. Setelah membuat gel agarose, langkah selanjutnya adalah merakit alat elektroforesis, letakkan agarose dalam mesin, masukkan TAE hingga agarose terendam, kemudian masukkan marker pada well pertama dengan mikropipet. Marker berguna sebagai patokan/ penanda panjang pita DNA. Kemudian masukkan sampel 1 dengan pipeting (hasil ekstraksi DNA dari darah utuh) pada well kedua , yang sudah dicampur dengan loading dye. Loading dye berfungsi sebagai pemberat dan pewarna dari sampel, sehingga mudah dilihat saat proses pemasukan ke dalam well. Lakukan hal yang sama pada well ke empat dan ke lima yang berturut-turut berisi sampel 2 (hasil ekstraksi darah utuh) dan sampel hasil PCR. Lalu dialiri listrik dan atur waktunya. Diamkan beberapa saat, setelah selesai, masukkan gel agarose ke dalam mesin …. (cari namanya) untuk melihat hasil elekroforesis

DISKUSI

Pada hasil pengamatan, dapat terlihat bahwa pada well 2 yang berisi sampel 1 whole blood dan well 3 yang berisi sampel 2 whole blood ternyata tidak menunjukkan hasil atau pergerakan TAE tidak terlihat.

Pada well 2 dan 3 DNA tidak terlihat, hal ini dapat disebabkan oleh berbagai hal seperti rusaknya DNA atau dikarenakan kurang murninya sampel yang digunakan menjadi hasil, karena pada waktu isolasi DNA, kami tidak mengulangi proses pemurnian DNA atau DNA ikut terbuang saat membuang supernatant atau dapat juga DNA yang dihasilkan terlalu sedikit

Sedangkan pada well 4 yang berisi PCR hasil dapat terlihat dan dapat dibandingkan dengan marker (well 1)

Kesimpulan

Saat elektroforesis didapatkan hanya satu pita yang terlihat yaitu pita hasil PCR